シラバス参照
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シラバス参照
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| 講義概要/Course Information |
| 科目基礎情報/General Information |
| 授業科目名 /Course title (Japanese) |
ゲノム生物学特論 | ||
|---|---|---|---|
| 英文授業科目名 /Course title (English) |
Advanced Genome Biology | ||
| 科目番号 /Code |
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| 開講年度 /Academic year |
2020年度 | 開講年次 /Year offered |
全学年 |
| 開講学期 /Semester(s) offered |
後学期 | 開講コース・課程 /Faculty offering the course |
博士前期課程、博士後期課程 |
| 授業の方法 /Teaching method |
講義 | 単位数 /Credits |
2 |
| 科目区分 /Category |
大学院専門教育科目 - 専門科目Ⅱ | ||
| 開講学科・専攻 /Cluster/Department |
基盤理工学専攻 | ||
| 担当教員名 /Lecturer(s) |
三瓶 嚴一 | ||
| 居室 /Office |
東6-708 (E6-708) | ||
| 公開E-Mail |
三瓶 (Gen-ichi Sampei)<gsampei@uec.ac.jp> | ||
| 授業関連Webページ /Course website |
なし。None | ||
| 更新日 /Last updated |
2020/03/11 12:54:45 | 更新状況 /Update status |
公開中 /now open to public |
| 講義情報/Course Description |
| 主題および 達成目標 /Topic and goals |
(a)主題 (Subject) 生物の持つ遺伝情報をすべて明らかにしようとするゲノム解析（研究）は、生物学の進歩を加速させているばかりでなく、我々人類のライフスタイルを根本的に変えようとしている。本講義では、「ゲノムと何か？」に始まり、ゲノムの構造と機能について概説した後、ゲノムについての今将にホットな様々な研究について紹介する。 Genome analysis (Genomic research) trying to reveal all the genetic information of living things not only accelerates the advance of biology but also is fundamentally changing our lifestyle. In this lecture, I will start with "What is genome?", outline the structure and function of genome, and then introduce various hot research on genome now. (b)達成目標 (Achievement goal) ゲノム解析の基本的な解析手順およびポストゲノム解析の内容について理解することを達成目標とする。 A goal is to understand the fundamental procedure of genome analysis and the contents of post-genome analysis. |
|---|---|
| 前もって履修 しておくべき科目 /Prerequisites |
学部科目では，分子生物学，生体機能分子工学。大学院科目では特になし。 Undergraduate subjects: Molecular Biology, “Biochemistry and Engineering” Graduate subjects: None |
| 前もって履修しておくこ とが望ましい科目 /Recommended prerequisites and preparation |
学部科目では，システム生物学。大学院科目では特になし。 Undergraduate subjects: Systems Biology Graduate subjects: None |
| 教科書等 /Course textbooks and materials |
教科書は特に定めないが、以下の書を参考にして講義を進める。 「ゲノム２ 新しい生命情報システムへのアプローチ」T.A.Brown著、松村正實監訳（メディカル・サイエンス・インターナショナル） 「ゲノム微生物学」木村 光編（シュプリンガー・フェアクラーク東京） Although no particular textbooks are specified, the lecture is given with reference to the following books. "Genomes, second edition" by T. A. Brown. |
| 授業内容と その進め方 /Course outline and weekly schedule |
以下の項目について、お話しする予定である。 第１回 ゲノムの定義といろいろなゲノム 第２回 真核生物のゲノムと原核生物ゲノム 第３回 反復配列、non-coding RNA、プロセシング 第４回 組換えDNA操作：遺伝子クローニング 第５回 組換えDNA操作：さまざまなクローニング・ベクター 第６回 ゲノム地図の作成 第７回 塩基配列決定法 第８回 ゲノムの配列解析：コンピュータを用いた方法 第９回 ゲノムの配列解析：実験的方法 第10回 実際のゲノム解析：インフルエンザ菌、ヒト 第11回 実際のゲノム解析：ラット、ミドリフグ、ニワトリ 第12回 ポストゲノム解析 第13回 タンパク質の立体構造解析の手法 第14回 構造ゲノミクスの実例 (I) 高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト 第15回 構造ゲノミクスの実例 (II) プリンヌクレオチド生合成系酵素の起源と進化 授業はプロジェクターを使用し、講義資料は，Webclassで公開する。 「日本語で説明し，英語の教材・資料と日本語の教材・資料を併用する」Type IIの講義です。 I will talk about the following items. 1st: Definition of genome, and various genomes 2nd: Eukaryotic genomes and prokaryotic genomes 3rd: Repetitive sequence, non-coding RNA, and processing 4th: Recombinant DNA manipulation: gene cloning 5th: Recombinant DNA manipulation: various cloning vectors 6th: Preparation of genomic map 7th: Sequence determination method 8th: Sequence analysis of genome: a method using computer 9th: Sequence analysis of genome: experimental method 10th: Actual genome analysis: H. influenzae and human 11th: Actual genomic analysis: rat, tetraodon and chicken 12th: Post genomic analysis 13th: Method of three dimensional structural analysis of proteins 14th: Actual structural genomics (I) Structural-biological whole cell project in Thermus thermophilus 15th: Actual structural genomics (II) Origin and evolution of the purine nucleotide biosynthetic pathway I use projector for classes and lecture materials on Webclass. This is a Type II lecture (Japanese-based course, with English and Japanese materials). |
| 実務経験を活かした 授業内容 (実務経験内容も含む) /Course content utilizing practical experience |
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| 授業時間外の学習 （予習・復習等） /Preparation and review outside class |
予習としては、学部科目（特に分子生物学）を復習しておくことが好ましい。復習としては、ゲノム解析の解析に用いられるさまざまな機器について理解を深めるべく補足学習することを薦める。 As preparation, it is preferable to review undergraduate subjects (especially Molecular Biology). As a review, I recommend supplementary learning to deepen the understanding of various equipment used for of genome analysis. |
| 成績評価方法 および評価基準 （最低達成基準を含む） /Evaluation and grading |
課題レポートと授業中の質疑応答により総合的に評価する。８割以上の理解で優、５割未満の理解で不可、残りを上位と下位で案分して良と可とする。尚、ゲノム解析の基本的な手順が理解できたことを以って、合格の最低達成基準とする。 I comprehensively evaluate by report and "question-and-answer during class". Understanding of 80% or more is Excellent, understanding by less than 50% is Failing, and the remainder is classified as Good and Passing. By understanding the fundamental procedures of genome analysis, it is the minimum criterion for passing. |
| オフィスアワー： 授業相談 /Office hours |
火曜日2限の講義終了後12:10-12:40。この時間に都合が付かない場合には、メールや電話により別途アポイントメントを取ること。 After the lecture on Tuesday: 12: 10-12: 40. If this time is not convenient, you should take a separate appointment by email. |
| 学生へのメッセージ /Message for students |
生物学は、解明されていない問題がまだまだ沢山あります。講義の後半では皆さんと一緒に、「ゲノムを研究することで、今後何がわかるのか、さらに何ができるのか」について考えてみたいと思います。皆さんの素朴な疑問をどしどしお寄せ下さい。また、今後の研究に対する奇抜なアイデアも歓迎します。 Biology has many problems that have not been elucidated yet. In the second half of the lecture, I would like to think about "what we can understand and what can be done" by studying genome. Please do not hesitate to ask your simple question. I also welcome unusual ideas for future research. |
| その他 /Others |
なし。 None |
| キーワード /Keyword(s) |
ゲノム、遺伝子地図、制限酵素地図、遺伝子、塩基配列、バイオインフォマティクス、プロテオーム、立体構造解析 Genome, Genetic map, Restriction map, Gene, Nucleotide sequence, Bioinformatics, Proteome, Three dimensional structure analysis |